Der wesentliche Unterschied der beiden Verfahren beruht auf der unterschiedlichen Art der Bildgewinnung. Bei der CT werden zur Bildgewinnung Röntgenstrahlen eingesetzt, welche durch Computerberechnung Schnittbilder der untersuchten Körperregion ergeben. Bei der MRT werden ebenfalls Schnittbilder der untersuchten Körperregion gewonnen, wobei die hierzu notwendigen Bilddaten nicht durch Röntgenstrahlen, sondern durch ein starkes Magnetfeld und die Benutzung von elektromagnetischen Wellen („Radiowellen″) gewonnen werden.

Näheres siehe auch unter CT oder MRT